稿件的提交
作者应该确保在线注册的稿件有注册号。
文章长度要求：
文章应该主旨明确且简洁，应采用科技论文的语言，报道的内容要尽可能的简明、一致。对于不必要的理解材料（但对文章来说是必须的），例如：引物序列，菌种特性，或者对文章主体显得过于冗长的材料（如多媒体辅助，大型数据集，额外的彩色插图，参考书目，或者其他过于占用空间的内容）必须通过Supptorting information提交文章的长度通常应不超过下面的要求：Research articles：10个打印页（双倍行距的手稿大约20页，或者在电脑上显示需要大约5页）；Brief Reports: 5个打印页；Minireviews: 6个打印页；Correspondence: 2个打印页。但更长的篇幅如果是为了更好的报道科技内容是可以。
Supporting information:
所有的supporting information 文件、插图、图表必须尽可能清晰的标示，从而保证它们可编辑。文件最大不超过5MB，视频文件不超过10MB。
标题页
标题页应该包括：1）一个简明扼要的标题；2）所有作者的名字和他们的工作单位；3）名字、通讯地址、电话、传真及负责通信和收发各类证明的通讯作者的电子邮箱（只留一个），4）和一个小标题（不超过50个字母）。作者不同的现住址应以脚标的形式出现。应该用高度概括的标题如：Methylation is the initial reaction in anaerobic naphthalene degradation，而不是像('A study of . . .' 'Characterization of . . .' 'Diversity of . . .').这样的标题。
摘要
所有的文章都要有一个不超过200字的摘要， 简单、明确的描述主要的研究结果。如果不是为了有助于内容的理解，不要过多描述背景信息以及工作的细节，即使描述也应该限制在一到两句话。
文章主体
对于Research articles，文章主体应该分为引言、结果、讨论、实验流程、，参考文献，图表说明。结果和讨论部分可以一起放置在一个单独的副标题中。新的或者不常用的实验流程应该详细描述以保证实验的可重复性。经典文献的实验内容应该被充分引用。
对于Brief Reports,结果和讨论是相互联系的，没有实验流程部分，并且关键的实验细节应该放在图表的说明中描述。表格和图片应该放在稿件的恰当位置并标示。避免脚注。
格式
正文
文章格式采用双倍行距，字体一致（例如，仔细区分数字‘l’和小写字母‘l’，数字‘0’和大写字母‘O’），不要出现连字符和自动换行（段内没有硬回车），行页号要连贯。
参考文献：
作者应该依据以下规则引用参考文献，说明如下：参考文献列表中一般仅包括已经全文出版的或‘in press’的文献。未出版、仅注册或私下交流的文章，引用应该用如J. M. Smith, unpublished形式。对于引用私下交流的文章，作者应该获得许可。文中的参考文献应该以时间顺序插入到圆括号内，如（Pugsley, 1996; Matsunaga et al., 1997）。参考文献列表中应该根据第一作者姓名的字母顺序排序。两位作者的文章，按第一作者的姓氏字母顺序排列；第一作者姓名相同，以第二作者的姓氏字母顺序为准；两个作者以上的文章，以第一作者的姓氏字母顺序为准；第一作者姓氏相同的，按作品的出版日期先后为准；多篇文献有相同年份且同一作者，请列出引文序号。文献中应包括文章标题。7位作者以内，文中应列出所有的作者姓名。8个或以上作者的文章，应列出前6个作者的姓名，后面的用“et al”表示。应该使用期刊的标准缩写做为Index Medicus。
下面是例子：
Sahm, K., MacGregor, B.J., Jørgensen, B.B., and Stahl, D.A. (1999) Sulphate reduction and vertical distribution of sulphate-reducing bacteria quantified by rRNA slotblot hybridization in a coastal marine sediment. Environ Microbiol 1: 65-74.
Madigan, M.T., Martinko, J.M., Dunlap, P.V., and Clark, D.P. (2008) Brock Biology of Microorganisms, 12th edn. New York, USA: Pearson Higher Education.
Finlay, B.I., Fenchel, T., and Embley, T.M. (1993) Methanogen endosymbiosis in anaerobic climates. In Trends in Microbial Ecology. Guerrero, R., and Pedros-Alio, C. (eds). Barcelona: Spanish Society for Microbiology, pp. 285-288.
可以引用互联网上的参考文献，但仅限于作者可以从官方网站上免费获取的文献。作者要提供引用材料的电子版和期刊网址供编辑斟酌。引用格式如下：
Beckleheimer, J. (1994). How do you cite URLs in a bibliography? [WWW document]. URL www.nrlssc.navy.mil/meta/bibliography.html.
尽管如此，因为网站的内容和地址不断更新，所以，不建议作者只通过网站引用关键信息。
数学公式、方程
提交的方程应为文本格式。。应避免使用图形程序和公式编辑器。显示的公式是由我们排字机重新生成的。
表格
表格的类型应为文本格式，使用“tabs”或表格编辑器进行设计。不要使用图形软件来创建表格。
图表
请使用高质量的图表，最好用EPS或者TIFF格式。TIFF文档不要从ppt文档中生成，因为这样做导致分辨率丢失。照片要有缩放栏和大小说明（只描述放大倍数不能够充分说明）。提交的照片应该调整到出版的大小，分辨率在300dpi或更大的TIFF形式。为了得到最好的效果，带注释的照片、线形图、条形图应该用EPS格式生成。更详细的说明见：http://authorservices.wiley.com/bauthor/illustration.asp.。它提供了图像采集和图像处理，包括软件和色彩优化及其它修改操作的详细信息。
要提醒作者的是：不接收图像内的任何单独元素的修改。如果不篡改原始观察数据，可以调整整个图像的亮度，对比度和色彩平衡。组合图，如来由不同的凝胶电泳图拼成或分割得到的图要在图例说明中加以解释。并通过使用划分线条或以其他方式进行明确区别。
请确保电子插图在缩图后，适于一栏，两栏，或者2/3的页面宽度（分别是80mm，169mm或110mm）。所有的字母应该是清晰可读的，例如：标签不应太大或小。最好不要用底色；如果为了图像的理解必须使用，尽量深一些。图像不要放进文本文档中。期刊的全文在线编辑过程中，图像说明可能因要全屏显示而被修剪。因此，任何图表说明的前100个字母应该告诉读者图像的关键信息。建议作者使用色彩显示，
封面照片
如果论文的图像适合于做为EMI和EMIR的封面图像，编辑接受作者提交图像申请如果图像被采纳为封面，作者将获得免费的印刷本。
规定：
缩写
参数、单位、符号最好按标准缩写（参考The Royal Society, 1988）。非标准的缩写，作者应该在第一次使用是用括号注明全称。
遗传术语
应该使用标准遗传术语。对于更细节的问题，作者应该查阅以下资料：关于E. coli K-12查Bachman (Microbiol Rev 47: 180-230, 1983) ；关于Salmonella typhimurium 查Sanderson and Roth (Microbiol Rev 47: 310-453, 1983);关于Bacillus subtilis查 Holloway et al. (Microbiol Rev 43: 73-102, 1979);关于Neurospora crassa查 Perkins et al. (Microbiol Rev 46: 426-570, 1982); 关于Saccharomyces cerevisiae查 the Handbook of Genetics Vol. 1 (R. C. King, ed., Plenum Press, 1974).
限制性内切酶
EMI和EMIR已经接受了不用斜体命名限制性酶的作法。以前像EcoRI, KpnI HindIII, SacII,等酶的称谓，已经被EcoRI, KpnI, HindIII, SacII所取代。更多的限制性酶的信息，请查询Roberts et al. (Nucleic Acids Res 31: 1805-1812).
稿件的注册
投稿
附信
在附信中，a）详细说明标题与作者；b）用一两句话概括性的描述内容并指出它的意义；c)保证报道内容的原创性；d）所有的作者已经看到并且同意了最后的提交版本；e）遵守了当地、国家、国际及科技界的道德规范；f）如果文章被接受，将允许在EMI/EMIR出版
在线发表
所有的稿件应该通过http://mc.manuscriptcentral.com/emi.在线提交。第一次登录可获得用户ID与密码。支持所有文件格式，但推荐以下格式：Microsoft Word或RTF（rich text format）。图片采用高分辨率的EPS或TIFF格式。建议Macintosh用户增加3个字母的文件名后缀。
评审
作者可以最多指定5位评审专家审稿，不过，编辑可能不会全用这些评审专家。作者也可能会拒绝一到两个审稿人，编辑一般会尊重作者的要求，但有时会考虑某些审稿人是必不可少的。作者在EMI/EMIR提交稿件就意味者接受这种情况的出现。
稿件的修改与重新提交
会有四种基本的结果：接受、部分修改、提交一个新版本可能被拒稿及据稿,拒稿意味着作者不能再递交该稿件的新版到EMI/EMIR。提交一个新版本可能被拒稿意味着要重新写稿件并提交新数据，然后创立新稿件并产生新的注册日期。部分修改意味着稿件基本满足期刊的要求，不用大改动。编辑可能会，但也可能不会二次送审（一般给原来的评审）确保对评审意见进行了充分更改。如果没按要求修改，会被拒稿；不允许迭代的改进。如果订正的稿件被接受，将会保留原始提交日期。
重新提交EMI/EMIR的文章会被发给相同的执行编辑，注明稿件前一版本的EM号
重新注册的稿件必须提供可编辑的格式，如word文本表格（避免在文档中嵌入非编辑格式）和EPS或TIFF的图像格式。如果注册的稿件中有非编辑文件将无法提交，文章会被推迟发表。